Journée de lancement du réseau OntoBiotope

l'équipe Bibliome de l'unité INRA MIG (Mathématique, Informatique et Génome - UR1077) a organisé le 29 novembre 2012 la journée de lancement du nouveau réseau OntoBiotope du métaprogramme INRA MEM (Métagénomique des Écosystèmes Microbiens). L'objectif est de rassembler microbiologistes, bioinformaticiens, informaticiens et statisticiens autour de la construction collective d'une ontologie des habitats des microorganismes (également appelée OntoBiotope).

Description et motivation

L'ambition pour OntoBiotope est de normaliser la description des habitats microbiens qui sont exprimés sous des formes très variables dans les publications et les banques de données (telles que GenBank, GOLD, etc.). L'objectif du projet est de permettre de développer des méthodes et des outils d'analyse automatisée exploitant cette ressource. Les applications envisagées sont variées, on peut citer par exemple :

• la construction de moteurs de recherche sémantiques (basés sur une indexation des documents par l'ontologie) ;
• l'extraction automatique à partir de la littérature des relations entre organismes et milieux ;
• l'aide à la gestion des collections de ressources biologiques (CIRM, CRB) ;
• la recherche de corrélations entre phylogénie des espèces et leurs modes de vie ;
• le croisement des modes de vie avec des résultats d'expériences à haut débit.

Plus généralement, OntoBiotope devrait permettre d'appréhender plus finement le rôle des caractéristiques des milieux sur l'évolution des microorganismes et leurs propriétés physiologiques.

Couverture du projet

Organismes considérés

L'ensemble des phylums de microorganismes seront représentés (bactéries, phages, virus, levures, champignons, protozoaires), mais des espèces de la microfaune devraient être aussi prises en compte (nématodes, acariens, etc.). L'inclusion des vecteurs de transmission dans le cas des maladies reste une question à débattre, parmi d'autres.

Diversité des milieux

Un premier prototype de l'ontologie a servi à démontrer son utilité, tandis que limitée aux bactéries et composée d'une classification élémentaire des milieux (aliment, environnement médicalisé, hôte et organe, milieu aquatique, sol, zone géographique). Un objectif central du projet va consister à solliciter puis formaliser votre expertise qui sera indispensable pour construire une classification détaillée et applicable à la plus grande variété d'habitats.

L'objectif de la réunion de lancement a consisté d'une part à exposer les avantages et les problématiques de la création de l'ontologie OntoBiotope, et d'autre part de proposer un plan de travail pour la modélisation des habitats.

Références

• Document de la demande MEM (à l'origine centré sur les bactéries)
• Équipe Bibliome
• Bacteria Biotopes Information Extraction Challenge at BioNLP Shared Task 2011
• Bacteria Biotopes Information Extraction Challenge at BioNLP Shared Task 2013
• Robert Bossy, Julien Jourde, Alain-Pierre Manine, Philippe Veber, Erick Alphonse, Maarten van de Guchte, Philippe Bessières and Claire Nédellec. BioNLP Shared Task - The Bacteria Track. BMC Bioinformatics 2012, 13(Suppl 11):S3.
• Zorana Ratkovic, Wiktoria Golik and Pierre Warnier. Event extraction of bacteria biotopes: a knowledge-intensive NLP-based approach. BMC Bioinformatics 2012, 13(Suppl 11):S8.
• Destinataires de l'invitation à la journée de lancement.
• Ontologie OntoBiotope, version BioNLP-ST 13.

Bien cordialement,

Les animateurs du réseau :
Philippe Bessières (MIG-MICA)
Maarten van de Guchte (Micalis-MICA)
Claire Nédellec (MIG-MIA)