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BioNLP Shared Task

Laboratory Mathématique Informatique et Génome,

Publications of Bibliome research group

Book chapter

  • Coste F., Nédellec C ., Scheix T. Vert J.-P., "IA et Bioinformatique", Encyclopédie de l'intelligence artificielle., Marquis P. et al. (eds.), Cépaduès, to appear 2013.

  • Nédellec C., Nazarenko A., Bossy R. "Information Extraction", Ontology Handbook., S. Staab, R. Studer (eds.), Springer Verlag, 2009.

  • Nédellec C. et Nazarenko A., " Ontology and Information Extraction: A Necessary Symbiosis", Ontology Learning from Text: Methods, Evaluation and Applications. Volume 123 Frontiers in Artificial Intelligence and Application, P. Buitelaar, P. Cimiano, B. Magnini (eds.), IOS Press, 2005.

  • Nédellec C., "Machine Learning for Information Extraction in Genomics - State of the Art and Perspectives",Text Mining and its Applications: Results of the NEMIS Launch Conference Springer Verlag Series: Studies in Fuzziness and Soft Computing. Sirmakessis Spiros (Ed.), p. 99-118, 2004.


  • Zorana Ratkovic, Wiktoria Golik, Pierre Warnier. BioNLP 2011 Task Bacteria Biotope - The Alvis System. BMC Bioinformatics 13(Suppl 11):S3, juin 2012.

  • Robert Bossy, Julien Jourde, Alain-Pierre Manine, Philippe Veber, Erick Alphonse, Maarten van de Guchte, Philippe Bessières, Claire Nédellec. BioNLP Shared Task - The Bacteria Track. BMC Bioinformatics, (Suppl 11):S3, juin 2012.

  • Manine A.P., Alphonse E., Bessières P. (2009). Learning ontological rules to extract multiple relations of genic interactions from text. Int. J. Med. Inform. 78(12):31-38.

  • Nédellec C., "Bibliographical Information Extraction in Genomics" in IEEE Intelligent Systems: Trends & Controversies - Mining Information for Functional Genomics, N. Shadbolt (éd.), p. 76-78, May-June, 2002.

International conferences

  • Hue I , Bugeon J Dameron O, Fatet A, Hurtaud C, Joret L, Meunier-Salaun MC, Nédellec C, Reichstadt M, Vernet J, Le Bail PY. ATOL AND EOL ONTOLOGIES, STEPS TOWARDS EMBRYONIC PHENOTYPES SHARED WORLDWIDE?, 4th Mammalian Embryo Genomics meeting, Québec, octobre 2013.

  • Bossy R., Bessières P., Nédellec C. BioNLP Shared Task 2013 - An overview of the Genic Regulation Network Task. In Proceedings of the BioNLP 2013 Workshop, Association for Computational Linguistics, pages 23-30. Sofia, Bulgaria, 2013.

  • Bossy R., Golik W., Ratkovic Z., Bessières P., Nédellec C.. BioNLP shared Task 2013 - An Overview of the Bacteria Biotope Task. In Proceedings of the BioNLP 2013 Workshop, Association for Computational Linguistics, pages 74-82. Sofia, Bulgaria, 2013.

  • Nédellec C., Bossy R., Kim J.-D., Kim J.-j., Ohta T., Pyysalo S., Zweigenbaum P. Overview of BioNLP Shared Task 2013. In Proceedings of the BioNLP 2013 Workshop, Association for Computational Linguistics, pages 1-7. Sofia, Bulgaria, 2013.

  • Salaun, M.-C., Bugeon, J., Dameron, O., Fatet, A., Hue, I., Hurtaud, C., Nédellec, C., Reichstadt, M., Vernet, J., Reecy, J., Park, C., Le Bail, P.-Y. ATOL: an ontology for livestock. In : Book of abstracts of the 63rd Annual Meeting of the European Federation of Animal Science, Bratislava (Slovaquie).Wageningen (NLD) : Wageningen Academic Publishers (EAAP Book of Abstracts, 18), page 299, 2012.

  • Wiktoria Golik, Robert Bossy, Zorana Ratkovic, Claire Nédellec. " Improving term extraction with linguistic analysis in the biomedical domain" in Proceedings of the 14th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics (CICLing'13), 24-30 mars, Samos, Grèce, 2013.

  • Wiktoria Golik, Olivier Dameron, Jérôme Bugeon, Alice Fatet, Isabelle Hue, Catherine Hurtaud, Matthieu Reichstadt, Marie-Christine Salaün, Jean Vernet, Léa Joret, Frédéric Papazian, Claire Nédellec et Pierre-Yves Le Bail. " ATOL: the multi-species livestock trait ontology" in proceedings of The 6th Metadata and Semantics Research Conference (MTSR 2012), pp 289-300. Springer Verlag Communications in Computer and Information Science Serie. Cadiz, Espagne, 28 au 30 novembre 2012. DOI: 10.1007/978-3-642-35233-1_28

  • Frédéric Papazian, Robert Bossy and Claire Nédellec, "AlvisAE: a collaborative Web text annotation editor for knowledge acquisition", The 6th Linguistic Annotation Workshop (The LAW VI), Jeju, Corée, 2012.

  • Wiktoria Golik, Pierre Warnier, Claire Nédellec. (2011) Corpus-based extension of termino-ontology by linguistic analysis: a use case in biomedical event extraction. Ontology and Lexicon: new insights. Workshop proceedings of TIA 2011 : 9th International Conference on Terminology and Artificial Intelligence, M. Slodzian et al. ed., Paris.

  • Julien Jourde, Alain-Pierre Manine, Philippe Veber, Karen Fort, Robert Bossy, Erick Alphonse, Philippe Bessières, "BioNLP Shared Task 2011 - Bacteria Gene Interactions and Renaming", BioNLP workshop joint to ACL, Portland, USA, 2011.

  • Zorana Ratkovic, Wiktoria Golik, Pierre Warnier, Philippe Veber, Claire Nédellec, "BioNLP 2011 Task Bacteria Biotope - The Alvis system", BioNLP workshop joint to ACL, Portland, USA, 2011.

  • Robert Bossy, Julien Jourde, Philippe Bessières, Maarten van de Guchte, Claire Nédellec, "BioNLP shared Tasks 2011 - Bacteria Biotope", BioNLP workshop joint to ACL, Portland, USA, 2011.

  • Pierre Warnier, Claire Nédellec "Sentence Filtering for BioNLP: Searching for Renaming Acts" BioNLP workshop joint to ACL, Portland, USA, 2011.

  • Claire Nédellec, Wiktoria Golik, Sophie Aubin, Robert Bossy, "Building Large Lexicalized Ontologies from Text: a Use Case in Indexing Biotechnology Patents", International Conference on Knowledge Engineering and Knowledge Management (EKAW 2010), Lisbon, Portugal, 11th 15th October, 2010.

  • A.P. Manine, E. Alphonse, Ph. Bessières. Extraction of Genic Interactions with the Recursive Logical Theory of an Ontology. 11th International Conference on Intelligent Text Processing and Computational Linguistics (CICLing'10), pages 549-563, 2010.

  • Galibert O., Quintard L., Rosset S., Zweigenbaum P., Nédellec C., Aubin S., Gillard L., Raysz J.-P., Pois D., Tannier X., Deléger L., Laurent D., " Named and specific entity detection in varied data: The Quaero Named Entity baseline evaluation", The seventh international conference on Language Resources and Evaluation (LREC-2010), European Language Resources Association (ELRA) publisher, Malte, 19-21 May 2010.

  • Sophie Aubin, Philippe Bessières, Robert Bossy, Laurent Gillard, Julien Jourde, Frédéric Papazian, Philippe Veber, Claire Nedellec, BioAlvis II, NLP-based semantic mining of literature on molecular biology of bacteria, p. 41, in proceedings of the Workshop BioCreative II.5, B. Bañeres et al. (eds), CNIO Madrid, 7 - 9 October 2009.

  • R. Bossy, A. Kotoujansky, S. Aubin and C. Nédellec, "Close Integration of ML and NLP Tools in BioAlvis for Semantic Search in Bacteriology", Proceedings of the Workshop on Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences, A. Burger, A. Paschke, P. Romano, A. Splendiani (Eds), Edinburgh, United Kingdom, November 28, 2008.

  • Alain-Pierre Manine, Erick Alphonse, and Philippe Bessières, Information extraction as an ontology population task and its application to genic interactions, 20th IEEE Intl. Conf. Tools with Artificial Intelligence, ICTAI'08., vol. II, pp. 74-81, 2008.

  • Alain-Pierre Manine, Erick Alphonse and Philippe Bessières, Genic interaction extraction by reasoning on an ontology, Third International Symposium on Semantic Mining in Biomedicine, SMBM 2008, pp. 93-100, 2008.

  • Bessières P., Bossy R., Mannine A.-P., Alphonse E., Nédellec C., "Getting the Unknown from the Known in Bacteria, and the Role of Text Mining", In Proceedings of the Data and text mining in integrative biology workshop, joint to ECML/PKDD, M. Hilario et C. Nedellec (Eds), p. 67-72, Berlin, Germany, September 2006.

  • Nazarenko, E. Alphonse, J. Derivière, T. Hamon, G. Vauvert, D. Weissenbacher. The ALVIS Format for Linguistically Annotated Documents. Int. Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2006), 2006.

  • Nédellec C., Bessières P., Bossy R., Kotoujansky A., Manine A.-P., "Annotation Guidelines for Machine Learning-Based Named Entity Recognition in Microbiology", In Proceedings of the Data and text mining in integrative biology workshop, joint to ECML/PKDD, M. Hilario et C. Nedellec (Eds), p. 40-54, Berlin, Germany, September 2006.

  • Nazarenko A., Nédellec C., Alphonse E., Aubin S., Hamon T., Manine A.-P., "Semantic Annotation in the Alvis Project", in Proceedings of the International Workshop on Intelligent Information Access, W. Buntine and H. Tirri (eds), Helsinki, Finland, July 2006.

  • Nédellec C. "Learning Language in Logic - Genic Interaction Extraction Challenge" in Proceedings of the Learning Language in Logic (LLL05) workshop joint to ICML'05. Cussens J. and Nédellec C. (eds). p 31-37, Bonn, August 2005.

  • Aubin S., Nazarenko A. and Nédellec C. "Adapting a General Parser to a Sublanguage", Proceedings of the International Conference on Recent Advances in Natural Language Processing (RANLP'05). Pages 89-93. Borovets, Bulgaria, 2005.

  • Alphonse E., Aubin S., Bessières P., Bisson G., Hamon T., Lagarrigue S., Manine A.-P., Nazarenko A., Nédellec C., Ould Abdel Vetah M., Poibeau T., Weissenbacher D., Event-based information extraction for the biomedical domain: the Caderige project. In Proceedings of International Joint workshop on Natural Language Processing in Biomedicine and its Applications (NLPBA/BioNLP COLING'04), Ruch P., Collier N. and Nazarenko A. (eds.), p. 43-49, Geneva, Switzerland, 2004.

  • E. Alphonse. Macro-operators revisited in ILP, Int. Conf. on Inductive Logic Programming (ILP'04), LNCS 3194, pages 8-25, 2004.

  • Nédellec C., "Machine Learning Applied to Information Extraction in specific domains. An Example: gene interaction extraction from bibliography in genomics.", communication invitée. In Proceedings of the second 2nd ECML/PKDD'2002 Workshop on Semantic Web Mining, Berendt B. et al. (Eds), p. 1-7, Helsinki, Finland, August 2002.

  • Nédellec C., Ould Abdel Vetah M., et Bessières P., "Sentence Filtering for Information Extraction in Genomics, a Classification Problem". In Proceedings of the Principles of Data Mining and Knowledge Discovery, 5th European Conference, PKDD'2001, p. 326-338, Luc De Raedt and Arno Siebes eds, Springer Verlag, Lecture Notes in Computer Science, Freiburg, Germany, September 2001.

Editor of international workshops

General public

  • Modéliser la fouille de données, dossier Mécanismes du vivant: La modélisation omniprésente, INRA, 2013.

  • Nédellec, C. "Automatic metadata production"Content Mining Service, Newsletter technic. 2.0 2006.

  • "Activité de MIG en IA et bioinformatique", Bulletin AFIA (Association Française pour l'Intelligence Artificielle), 2006.

  • "MIG-INRA, Activité en IA - le projet Caderige", Bulletin AFIA, 2003.

  • "Le projet ExtraPloDocs, EXTRAction de connaissance pour l'EXPLOitation de la DOCumentation Scientifique", Bulletin AFIA, 2003.

National book chapter

  • Coste F., Nédellec C ., Scheix T. Vert J.-P., "IA et Bioinformatique", Encyclopédie de l'intelligence artificielle., Marquis P. et al. (eds.), Cépaduès, à paraître en 2013.

  • Nédellec C. " Apprentissage automatique", Encyclopédie de l'Informatique et des systèmes d'information, J. Akoka et I. Wattiau (eds), p. 1243-1253, Vuibert, 2006.

  • Robardet C., Nedellec C., Boulicaut J-F. Fouille de données et analyse du transcriptome. Chapitre 4 de Informatique pour l'analyse du transcriptome, pages 101-141, Hermès Lavoisier, traité IC2, 2004.

National conference

  • M. C. Meunier-Salaun, J. Bugeon, O. Dameron, A. Fatet, I. Hue, C. Hurtaud, L. Joret, C. Nédellec, M. Reichstadt, J. Vernet, PY Le Bail., Les ontologies ATOL et /EOL: des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine : phénotypage et élevage de prŽcision, Journées de la Recherche Porcine (JRP), 4 et 5 février 2014.

  • Bossy R., Papazian F. et Nédellec C. AlvisAE, un éditeur d'annotation sémantique structurée guidée par une ontologie évolutive. Actes du workshop IC 2013 In Ovive, Intégration de sources et masses de données hétérognes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l'Environnement, Plateforme AFIA, J. Dibie-Barthélémy et al., (eds), 1 page. Lille, juillet 2013.

  • Aubin S., Golik, Papazian F., Nédellec C. TyDI : un outil d'assistance ˆ la construction de terminologie structurée, poster et dŽmonstration.TIA'09, 8eme Conférence Internationale Terminologie et Intelligence Artificielle, 2 pages, Toulouse, 18-20 octobre, 2009.

  • Alphonse E., Aubin S., Bessières P., Bisson G., Hamon T., Lagarrigue S., Nazarenko A., Nédellec C., Ould Abdel Vetah M., Poibeau T., Weissenbacher D., "Extraction d'information appliquée au domaine biomédical - apprentissage et traitement automatique de la langue", in actes de la Conférence International de Fouille de texte, CIFT-04, Antoni M.-H. et Yvon F. (Eds), La Rochelle, juin 2004. Alphonse E.. Macro-operateurs revisités en Apprentissage Relationnel, Conférence Francophone sur l'Apprentissage Automatique (CAP'04), 2004.

  • Manine A. P., Nédellec C. et Bessières P. (2004). "Application of Machine Learning to knowledge extraction from bibliographical abstracts in functional genomics", JPGD 2004.

  • Ould Abdel Vetah M., Nédellec C., Bessières P., Caropreso F., Manine A.-P., Matwin S.,"Sentence Categorization in Genomics Bibliography: a Naive Bayes Approach", in Actes de la Journée Informatique et Transcriptome, J.-F. Boulicaut et M. Gandrillon (Eds), Lyon, mai 2003.

  • Sophie Aubin. "Evaluation comparative de deux analyseurs produisant des relations syntaxiques", Actes de la 10ème conférence annuelle sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles. Pages 67-76. Vol 2. 2003.

  • Sophie Aubin et Marc Barbier. "Extraction d'information à partir de documents contractuels", Actes de l'atelier Acquisition, apprentissage et exploitation de connaissances sémantiques pour l'accès au contenu textuel, plate-forme AFIA. Pages 17-28. 2003.

  • Lelu, A. (juin, 2003). "Synthèses de masse sur internet : réflexions autour de quelques impacts sociaux possibles". In Proceedings of the 1st Journées Francophones de la Toile, Tours, France, (G. Venturini, ed.), 81-90.

  • Lelu, A. (septembre, 2003). "Visualisation synthétique et parcours d'articles scientifiques en ligne". In Proceedings of the 6th conference Hypertextes et Hypermédias, Produits, Technologies, Modèles, Saint Denis, France, (F. Papy, ed.), 12 pages (texte intégral).

  • Lelu, A. (2003). "Evaluation de trois mesures de similarité utilisées en sciences de l'information." Information Sciences for Decision Making. 6 14-25.

  • Lelu, A. and Bessières, P. (mai, 2003). "Cartographie de connaissances à partir d'articles en ligne : application aux îlots de pathogénicité." In Proceedings of the 3rd Journées Post-Génomique de la DOUA (JPGD'03), Informatique pour l'analyse du transcriptome, Lyon, France, (U. C. Bernard and INSA, ed.), 12 pages (texte intégral).

  • Lelu, A. and Francois, C. (septembre, 2003). Un algorithme de détection de maxima de densité basé sur la distance distributionnelle : application à la classification optimale fine d'un corpus documentaire. In Proceedings of the 10th Meeting of the Société Francophone de Classification, Neuchâtel, Suisse, (D. Y., ed.), 4 pages (texte intégral).

  • Lelu, A., Schepens, P., Viprey, J.-M. and Noel-Jorand, M.-C. (2003). Thématiques et enchaînements thématiques dans les discours de deux patients paranoiaque et schizophrène. Traits (Travaux d' Informatique, Topique, Statistique sur les textes), Presses Universitaires de Franche-Comté. special issue 30 pages (texte intégral).

  • Ould Abdel Vetah M., Nédellec C. et Bessières P., "Application de la classification supervisée au filtrage de phrase mentionnant des interactions géniques dans MedLine", Journées Ouvertes Biologie Mathématique (JOBIM'2002), J. Nicolas & C. Thèrmes (éds), INRIA (pub.), p. 337-341, Saint-Malo, juin 2002.

  • Bessières P., Nazarenko N. et Nédellec C., "Apport de l'apprentissage à l'extraction d'information : le problème de l'identification d'interactions géniques.", in Actes du Colloque International sur le Document Electronique, Méthodes, Démarches et Techniques Cognitives, CIDE'2001, Toulouse Octobre 2001.

  • Nédellec C., Ould Abdel Vetah M., Bessières P., Brun C. et Jacq B., "Reconnaître des fragements de phrase pertinents pour l'extraction d'information dans les textes de génomiques, un problème de classification". In Actes de la Conférence Française d'Apprentissage, Bisson G. (Ed.), Grenoble, Juin 2001.

Edition of national workshop proceedings

  • Nédellec C. et Zweigenbaum P., Actes de la journée Apprentissage, connaissances sémantiques et textes, atelier associé à la plate-forme AFIA'2003, Laval, Juin 2003.


  • Nédellec C. (2013). Extraction et modélisation de connaissance à partir de texte - Applications ˆ la biologie. Mémoire de HDR informatique, Université Blaise Pascal, Clermont-Ferrand, France.

  • Manine A.-P. (2006). Application de l'apprentissage à l'extraction de connaissances à partir de notices bibliographiques en génomique. Thèse d'informatique de l'Université d'Orsay, France.

  • Abdel Vetah M. O. (2005). Apprentissage automatique appliqué à l'extraction d'information à partir de textes biologiques. Thèse d'informatique de l'Université d'Orsay, France. Alain-Pierre Manine

Research reports

  • C. Nédellec, A. Nazarenko, Ontologies and Information Extraction Rapport LIPN, hal-00098068, 2005.